《纽约重案组 第三季》(NYPD Blue Season 3) 的剧情主要围绕着警探Andy Sipowicz和他的同事们的生活与工作展开。本季初，Andy的伴侣Sylvia怀上了他的孩子，并在季末生下了一个男婴Theo。这一情节与Andy与其长子Andy Jr.的命运形成了鲜明对比。Andy Jr.宣布他将加入警察队伍，在Andy终于开始与这位疏远的儿子建立联系时，Andy Jr.却被枪杀，这对Andy来说是一个巨大的打击，导致他重新开始饮酒。
与此同时，Bobby和Diane的关系经历了波折。他们的关系一度因为Diane参加戒酒互助会（AA）而暂停。后来他们重新走到一起，但Diane因目睹其父亲对其母亲施暴后再次开始饮酒。最终，Diane的父亲被杀害，她的母亲成为首要嫌疑人。
此外，新来的侦探Adrienne Lesniak和James Martinez之间发展出了一段恋情。在此之前，Lesniak曾告诉Medavoy她是同性恋，随后又否认了这一点；这段关系最终因为Lesniak控制欲强和不愉快的行为而结束，她也离开了警队。另一方面，Medavoy意识到他的妻子限制了他的发展，于是决定离开她，但这也未能挽救他与Donna的关系，后者最终接受了苹果公司的工作邀请离开了。
这些故事线交织在一起，展现了警探们个人生活中的挑战以及他们在解决各种案件中所面临的困难。其中，Simone出于自卫杀死了Andy Jr.的谋杀者，进一步加深了剧集中的紧张气氛和个人悲剧色彩。这个季度通过展示角色们的私人生活和职业生活的复杂性，深刻描绘了他们作为人的真实面貌。
