《命运石之门：负荷领域的既视感》是《命运石之门》系列的第一部剧场版动画电影，于2013年4月20日在日本上映。

故事发生在冈部伦太郎到达命运石之门世界线后的一年。这条世界线中，真由理没有死，红莉栖也没有遇害，是一个没有时间机器和D-mail的世界。然而，冈部存在于这条世界线上已经十分不稳定。

此前，冈部为了拯救红莉栖和真由理，在无数世界线中漂流，经历了无数次回到过去的尝试，这给他带来了极大的心灵负担。他拥有命运探知（Reading Steiner）的能力，能感知到世界线的变动，其他世界线的记忆不断给他造成负担，使他难以停留在这条世界线里，最终从这个世界线中消失，仿佛从来没有存在过一样。

而红莉栖因为冈部的消失，开始追寻他的踪迹。她发现了冈部存在过的痕迹——既视感，这深深印刻在大家的记忆里。

原来，在这条不稳定的世界线附近，存在一条名为r的封闭线路。当冈部的记忆出现混乱时，他就会去到r线，而在原本的世界线中则完全没有他的痕迹。

为了找回冈部，红莉栖回到过去。她通过时间机器回到五年前，此时的冈部还是个青涩少年。在真由理的祖母去世后，冈部来到电车站台前的长椅处，正巧遇到了失落的红莉栖。红莉栖向他讲述了狂人科学家“凤凰院凶真”的故事，而这个故事原本是冈部从电视上了解到的。通过红莉栖的穿越讲述，冈部对此的信息源发生了改变，但都延续了他中二的性格特征。

红莉栖的这一举动，给冈部留下了这条世界线中绝无仅有的记忆，将他从众多世界线的混乱记忆中解放出来。最终，冈部成功回到了命运石之门世界线。

具体情节如下：
冈部自我到达“命运石之门”世界线一段时间后，助手为参与学术研讨会回国。众人相聚，冈部依然中二，他与助手日常拌嘴。之后冈部买东西回来，一个盒子从他口袋滑落，里面是为助手准备的礼物——刀子和叉子。在这条世界线中助手从未向任何人透露过自己的小心思，但冈部的话让她开始相信。之后冈部把店长当成α线中SERN的情报人员，拿起刀架在其脖子上并让助手启动时间机器。冈部发觉这种记忆混乱状态愈发严重，而真由理的安慰为后面的情节埋下伏笔。接着，一名不速之客闯入助手的酒店客房，让她记下“手机、微波炉、SERN”三个关键词。助手洗衣服时遇到冈部，两人打情骂俏后，冈部突然消失不见，其他人也逐渐忘记了他。研究所的创始人变成了桶子，001号成了无人使用的空号，连助手对冈部的印象也愈加模糊。直到助手吃泡面时发现冈部送的叉子，想起神秘人的提醒，她找到桶子并复原了穿越道具电话微波炉。她回到那晚的烧烤派对，发现处于游离态的冈部，从未来穿越回来的打工战士阿万音铃羽告知了她真相。冈部得知自己可能永远消失，他让助手忘了他，去迎接命运石之门后的新生活。但助手不愿放弃，抱住冈部，两人深情一吻。之后助手耐不住思念去见冈部最后一面，他就在自己眼前消失，胡椒博士汽水散落一地。之后打工战士再次出现，她指出助手在未来仍会因抑制不住思念而造出时间机器。于是助手搭乘未来自己做的时间机器回到过去，来到五年前。当时冈部正因祖母去世而不知如何面对伤心的青梅竹马真由理，助手向他讲述了“凤凰院凶真”的故事。最后，冈部回归，迎来美满结局。
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